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黃菖蒲是多年生草本植物，植株基部圍有少量老葉殘留的纖維。根狀莖粗壯，直徑可達2.5厘米，斜伸，節明顯，黃褐色；須根黃白色，有皺縮的橫紋。基生葉灰綠色，寬劍形，長40-60厘米，寬1.5-3厘米，頂端漸尖，基部鞘狀，色淡，中脈較明顯。
花莖粗壯，高60-70厘米，直徑4-6毫米，有明顯的縱棱，上部分枝，莖生葉比基生葉短而窄；苞片3-4枚，膜質，綠色，披針形，長6.5-8.5厘米，寬1.5-2厘米，頂端漸尖；花黃色，直徑10-11厘米；花梗長5-5.5厘米；花被管長1.5厘米，外花被裂片卵圓形或倒卵形，長約7厘米，寬4.5-5厘米，爪部狹楔形，中央下陷呈溝狀，有黑褐色的條紋，內花被裂片較小，倒披針形，直立，長2.7厘米，寬約5毫米；雄蕊長約3厘米，花絲黃白色，花藥黑紫色；花柱分枝淡黃色，長約4.5厘米，寬約1.2厘米，頂端裂片半圓形，邊緣有疏牙齒，子房綠色，三棱狀柱形，長約2.5厘米，直徑約5毫米。花期5月、果實期6-8月。 
